Вода из нашего гипотетического колодца тоже туда попадает,
Вообще-то наоборот, если говорим о колодце. Вода в колодец попадает из грунтового водоносного слоя. Часть воды - в колодец, а часть - стекает ниже. Обратным ходом, из колодца в водоносный слой, вода может попасть в исключительных случаях - либо когда в колодец попадает много воды извне, не из слоя, скажем, из-за ливневого дождя с поверхности земли, либо в случае, когда в водоносном слое резко повышается расход, и уровень воды в нем резко падает - например, экскаватором задели водоносный слой (и хорошо так задели).
Но в любом случае, верно и утверждение:
И при этом нужно учитвать, что вода проходит не по трубам, не по поверхности, а в породах, соответственно, она хорошо фильтруется. На счет запаха я не уверена, но по идее, это же органика, и он должен отфильтровывать?
Да, отфильтруется. Глина (а водоносный слой - всегда на глине) - хороший сорбент, и органику она точно уберет.
С собаками его искали, я так понимаю, через короткое время после исчезновения. И собаки шли по запаху конкретно Брендона.
Да. Однако же, Брендона, живого или мертвого, так и не нашли. Вывод: либо собаки просто ошиблись (такое бывает, если нечеткий след разыскиваемого пересекается и перебивается иным следом, более ярким), либо не смогли взять след, ведущий уже от водоема.