С помощью микроскопии удалось найти на галстуке Купера множество мелких частиц, частично проливающих свет на то, в каких местах обладатель галстука (если всё это время его носил только Купер) появлялся до угона. Так удалось найти на галстуке споры ликоподия (эти споры активно используют в медицине, поэтому, вероятно, галстук имел контакт с неким фармацевтическим продуктом), а также фрагменты висмута и алюминия.
В ноябре 2011 года на галстуке были найдены частицы чистого титана — поскольку в 1970-х доступ к титану широко имелся только на химических предприятиях и металлообрабатывающих заводах, то Купер мог быть химиком или металлургом (но поскольку следы были найдены на галстуке, то Купер, видимо, был инженером или менеджером на соответствующем предприятии).
В январе 2017 года объявили, что на галстуке также были обнаружены частицы редкоземельных минералов, такие как сульфид церия и стронций — в 1970-х такие элементы применялись в разработке сверхзвукового Boeing 2707 (разработка была свёрнута за год до угона), что предполагает, что Купер мог быть работником компании «Boeing» (это в целом объясняло, откуда Купер так хорошо знал техническую составляющую самолёта).
Главный следователь ФБР в отставке Ральф Химмельсбах заметил, что пакеты с пачками могли проплавать максимум два года после прыжка Купера, потому что в противном случае резинки, опоясывающие пачки, испортились бы. (Брайан Ингрэм нашёл пачки через 9 лет после угона, 10 февраля 1980 года) На пачках были найдены остатки водорослей диатомеи, которые цветут только весной, из чего был сделан вывод, что в воду деньги попали по крайней мере через четыре месяцев после угона.
В 2017 году Томас Колберт, который возглавил группу сыщиков-добровольцев, занимающихся собственными расследованиями нераскрытых дел, объявил, что они нашли ремешок и кусок поролона из парашюта Купера. Колберт отказался раскрывать место, где они были найдены, заявив только, что нашёл их после собственного расследования, так как с согласия ФБР он получил доступ к материалам дела. Сообщается, что ФБР приняло находки на рассмотрение, но никаких официальных заявлений на данный момент не сделано.
Долина реки Уошугал, как наиболее вероятное место приземления Купера, неоднократно обыскивалась, как частными лицами, так и целыми группами, но никаких других улик найдено не было. Некоторые исследователи предположили, что извержение вулкана Сент-Хеленс в 1980 году уничтожило все оставшиеся физические улики.
Имя Дэн Купер угонщик мог позаимствовать у героя одноимённой франко-бельгийской серии комиксов Альбера Вейнбера и Жана-Мишеля Шарли — смешного, но героического пилота Королевских ВВС Канады. Однако комиксы про Дэна Купера никогда не переводились на английский и в США не продавались, на основе чего был сделан вывод, что Купер какое-то время мог жить в Европе.
Когда Купер назвал Флоренс Шаффнер сумму выкупа, то, с её слов, он упомянул не доллары, а «Negotiable American Currency» (свободно обращающуюся американскую валюту) — такие словесные обороты не свойственны тем, кто родился, вырос или всю жизнь прожил в США. Отталкиваясь от теории про комиксы о Дэне Купере выяснили, что эти комиксы продавались в то время в Канаде (так как они были написаны на французском, то продавались в Квебеке), а поскольку никто из свидетелей не заметил у Купера какого-либо ярко выраженного акцента, то сделали вывод, что Купер мог быть родом из Канады.
в качестве основного парашюта из предложенных ему он выбрал не навороченный современный военный, а старый добрый гражданский парашют из той же школы.
Ему предложили военные парашюты с базы ВВС, но он потребовал гражданские из парашютной школы.
Странно, что тут не отражён ещё один случай. 7 апреля 1972 года (через полгода после нашего угона) Ричард Маккой под именем Джемс Джонсон захватил тоже Боинг-727, только вместо бомбы у него был муляж гранаты и незаряженный пистолет. А дальше как в нашем случае - четыре парашюта, уже 500 тысяч долларов и прыжок через задний люк-трап. Только он оставил свои отпечатки на записке и журнале, который читал. А так как он служил во Вьетнаме, был Зелёным беретом, а потом ещё в Национальной гвардии, то его пальчики сразу нашлись. Так что на второй день он уже был арестован вместе со всей суммой без 30 долларов. На суде отрицал свою причастность к нашему угону и получил 45 лет за свой очевидный. Через два года ещё с несколькими заключёнными сбежал из тюрьмы и через три месяца был застрелен при задержании. ФБР исключило его из списка подозреваемых по делу Купера, т.к. обнаружилось, что на тот день у него было алиби.